Muzeum im. prof. Szafera zostało utworzone w 1965 roku. Gromadzi eksponaty z zakresu przyrody, archeologii i historii Ojcowskiego Parku Narodowego. Pierwszą stałą wystawę urządzono w latach 1971-72, po przeniesieniu muzeum do domu "Pod Łokietkiem", natomiast w latach 1978-79 powiększono ekspozycję. 29.02.2008 roku, zamknięto stałą wystawę w Muzeum im. prof. Szafera i przystąpiono do gruntownej przebudowy budynku oraz urządzania nowej ekspozycji.

Ponowne otwarcie dla turystów, już jako Centrum Edukacyjno-Muzealne, miało miejsce 10 kwietnia 2010 roku.

Zwiedzanie ekspozycji rozpoczyna projekcja filmu w technologii 3D, ukazującego prehistorię i procesy, które kształtowały rzeźbę okolic Ojcowa oraz dzisiejszy wygląd Doliny Prądnika. Po tym wstępie zwiedzający przechodzą do sali, gdzie przy pomocy kiosków multimedialnych można m.in. uzupełnić wiadomości o Ojcowskim Parku Narodowym, sprawdzić zdobytą wiedzę w prostym quizie, a nawet wysłać e-mailem pozdrowienia z Ojcowa.

Na ścianach prezentowane są fotografie dokumentujące przebudowę budynku "Pod Łokietkiem", w którym mieści się muzeum.

Właściwa część ekspozycji podzielona jest na 4 części:

• Kras - tutaj zaprezentowane są zagadnienia i eksponaty z zakresu geologii

• Jaskinia - w chłodnym klimacie jaskiniowym zobaczyć można przeróżne formy naciekowe, stanowisko archeologów
• Makieta - w tej części można spojrzeć z góry na Ojcowski Park Narodowy; na ogromnej makiecie w skali 1:2000 odwzorowano każdy domek i skałka widoczne z lotu ptaka
• Diorama - ostatnia sala prezentuje przyrodę ożywioną Doliny Prądnika i składa się z dwóch części (swoisty "multimedialny fotoplastikon" umieszczony na antresoli pozwala na zapoznanie się z trójwymiarowymi fotografiami roślin i owadów; dolna część ekspozycji to diorama ukazująca świat zwierzęcy łąk i lasów Ojcowskiego Parku Narodowego)