Gdy w podkarpackie okolice przybywali misjonarze Słowa Bożego w IX i X wieku po Chrystusie, góry makowskie były pokryte puszczą leśną. Stopniowo zaczęli przybywać nieliczni osadnicy, którzy dopiero w XIV wieku założyli na wykarczowanych terenach wioskę i wznieśli w niej pierwszy drewniany kościółek. Przy kościółku, który nosił prawdopodobnie wezwanie św. Klemensa, papieża, utworzono parafię, o której pierwsza wzmianka pochodzi z roku 1358.

W związku z tym, że liczba ludności się powiększała, w XVI wieku zbudowano drugi z rzędu, większy, drewniany kościół ku czci św. Klemensa, którego konsekracja odbyła się w roku 1536. W tym drugim kościele proboszcz tutejszy ks. Wojciech (Adalbert) Dąbski umieścił w roku 1590 obraz Bogarodzicy, który obecnie słynie łaskami. Trzeci kościół makowski wzniósł ks. Andrzej Ziebrowski, tutejszy duszpasterz około roku 1700.

Nie burząc dawnego kościoła z XVI wieku, nową świątynię postawiono w niewielkiej od niego odległości, nadając jej wezwanie Przemienienia Pańskiego. Nowa budowla składała się z murowanego prezbiterium, do którego dostawiono w jego przedłużeniu również murowaną kaplicę barokową z obszerną drewnianą nawą. Konsekracji nowego miejsca kultu dokonał w roku 1705 administrator diecezji krakowskiej biskup Kazimierz Łubieński.

Odtąd parafia makowska posiadała dwa kościoły: mniejszy pod wezwaniem św. Klemensa i większy ku czci Przemienienia Pańskiego. Obraz Najświętszej Maryi Panny pozostał w starym kościele św. Klemensa, który w tym czasie począł pełnić rolę osobnego sanktuarium Najświętszej Maryi Panny. W 1745 roku wzniesiono prośbę do Ordynariusza krakowskiego o pozwolenie na przeniesienie słynącego łaskami obrazu Matki Bożej do nowego, większego kościoła.

Pozwolenie uzyskano. Nieużywany odtąd kościół św. Klemensa zburzono. W XVIII wieku wieś Maków zaczęła się szybko rozwijać.

To skłoniło do starań powiększenie objętości kościoła. W latach 1826–1828 po zburzeniu drewnianej nawy świątyni pozostawiając jednak murowane prezbiterium z kaplicą z lat 1697–1701, wybudowano nową nawę murowaną i nowy front kościoła. Czwarty z rzędu, do dziś stojący, kościół parafialny w Makowie nosi cechy stylu późnoklasycystycznego. Wyróżnia się w nim wszakże starsze, pochodzące z trzeciego kościoła prezbiterium barokowe z kaplicą.

Obecny kościół został konsekrowany w roku 1833. W makowskim kościele znajduje się starożytny obraz Bogarodzicy, słynący łaskami i otaczany czcią wiernych, którzy przychodzą tutaj nie tylko z Makowa, ale i z okolicznych wiosek i parafii góralskich. Obraz ten zawsze był umieszczony (z małymi tylko przerwami) w wielkim ołtarzu kościoła i był w tym kościele największym skarbem wśród innych wizerunków Matki Boskiej jako też i świętych Pańskich.