Założony w 1257 roku nieopodal północno-zachodniej części wodzisławskiego rynku, do roku 1810 stanowił nieodłączny element średniowiecznego i nowożytnego życia Wodzisławia.

W początkach istnienia budynki były prawdopodobnie drewniane, a po pierwszym wielkim pożarze Wodzisławia (około 1280-1290 roku) mogły być już murowane jako jedne z pierwszych w mieście. Źródła wspominają o konwencie m.in. w 1257 roku i 1340 roku. W XV wieku wzniesiono nowy duży murowany kościół klasztorny p.w. Św. Trójcy. Kościół ten istnieje do dnia dzisiejszego i jest jednym z najstarszych na Górnym Śląsku. W XVII wieku wzniesiono obok nowy budynek klasztoru wraz z obszernym dziedzińcem.

W 1810 roku zakon sekularyzowano, a pozostałe po nim budynki przejęło miasto. Kościół później sprzedano parafii ewangelickiej w Wodzisławiu Śląskim. Obecnie budynek kościoła p.w. Św. Trójcy należy do parafii Ewangelicko-Augsburskiej w Wodzisławiu Śląskim, a w budynku poklasztornym klasztornym znajduje się Sąd Rejonowy w Wodzisławiu Śląskim. Jesienią 2007 roku wymieniono dach w budynkach klasztoru i kościoła oraz prowadzono badania archeologiczne.

W latach 2008-2011 budynek kościoła św. Trójcy gruntownie zmodernizowano. W 2010 roku sprowadzono zabytkową ambonę i ołtarz z XIX wieku. Neogotycki, drewniany, z obrazem "Wniebowstąpienie Pańskie" (namalowany prawdopodobnie w 1874 roku). Ołtarz sprowadzono w lipcu 2010 roku ze zniszczonego kościoła luterańskiego w Stawiszynie koło Kalisza. Obecnie Zespół poklasztorny franciszkanów jest jednym z najcenniejszych tego typu obiektów w województwie śląskim.