Początek kultu Matki Bożej w Szczyrku sięga roku 1894, kiedy to miały mieć tu miejsce cudowne objawienia. Rozpoczęto wówczas w tym miejscu budowę pierwszej drewnianej kaplicy.

Z czasem, ze względu na przybywające tu liczne pielgrzymki, zaistniała potrzeba budowy nowej, większej świątyni. Budowę murowanego kościoła rozpoczęto w roku 1912 i zakończono po I wojnie światowej. W roku 1938 opiekę nad tutejszą świątynią objęli Księża Salezjanie z Oświęcimia i pozostali oni gospodarzami tego miejsca do dnia dzisiejszego. W roku 1948 zainicjowali oni budowę obecnie istniejącego kościoła. Budowę ukończono w roku 1954.

W setną rocznicę objawień, 3 maja 1994 roku, kościół został poświęcony i podniesiony do godności sanktuarium.

W głównym ołtarzu kościoła umieszczony jest obraz Matki Bożej, namalowany w roku 1960 według relacji z objawień. Z roku 1974 pochodzą 20-głosowe organy z polichromią i mozaiką o tematyce różańcowej. Obok głównego kościoła wybudowano Kaplicę Objawienia z pniem buka, na tle którego ukazała Matka Boża. W pobliżu jest również grota z cudownym źródełkiem. W pobliżu sanktuarium znajduje się nowoczesny dom pielgrzyma z miejscami noclegowymi dla 120 osób.