Pierwsze wzmianki o Kościelcu pochodzą z XIII wieku. Związane są one z cudem jakiego dokonał tutaj św. Jacek Odrowąż-Wojtkowicz (1183-1257). Po raz kolejny Kościelec pojawia się w źródłach w XV wieku. Niewiele można powiedzieć o średniowiecznym budynku kościoła, poza tym że był on zapewne drewniany. Ze średniowiecza zachował się do dzisiejszych czasów dzwon z 1484 roku ze znakiem górniczym w postaci skrzyżowanych kilofów. W 1598 roku stał już murowany kościół.

Był on wyposażony w cztery ołtarze oraz chrzcielnice. Najświętszy Sakrament przechowywano w tabernakulum. Dzięki sprawozdaniom z kolejnych wizytacji znamy stan ówczesnego kościoła. W 1644 roku świątynia miała przeciekający dach i nasiąknięte wodą ściany. W 1728 stan budowli dalej był opłakany, gdyż nie dokończono remontu. W 1748 roku tylko część kościoła miała posadzkę, z dachu ciekła woda na organy, a dzwonu na wieży nie ruszano, aby nie spadł.

Obecny budynek świątyni nabierał kształtów w XIX wieku. Pracę nad nowym kościołem rozpoczęto w 1795 roku, a ostatecznie konsekrowano go w 1864 roku. Ciekawymi obiektami kościeleckiej świątyni są: ołtarz główny z XIX wieku oraz tablice epitafijne dawnych właścicieli Kościelca. W 1924 Kościelec będąc dotąd samodzielną wsią stał się częścią miasta Chrzanowa. W latach 70-tych XX wieku na okolicznych polach zaczęto budować duże osiedle mieszkaniowe.

Budowę większości obiektów ukończono do 1989 roku. Dzięki temu parafii przybyło ponad 10 tysięcy dodatkowych wiernych. Parafia była bardzo duża, a mały kościół nie był w stanie jej obsłużyć. Z tych względów zapoczątkowano w 1990 roku budowę nowego kościoła. W 1995 roku erygowano nową parafię p.w. Świętej Rodziny. Wydzielono ją z zachodniej części parafii w Kościelcu. Mimo powołania nowej parafii kościół Jana Chrzciciela nadal pozostawał ciasny, zdecydowano zatem o jego przebudowie.

Dzisiejszy kościół zawdzięcza kształt remontom prowadzonym w ostatnich latach. Główną zmianą architektoniczną jest dobudowana nawa boczna od strony północnej kościoła. Kościół odzyskał też malowidła naścienne,które przez jakiś czas pozostawały zamalowane, postawiono również nowy ołtarz w nawie bocznej.