Jaskinia Ciemna, której łączna długość wynosi 230 metrów, jest jednym z najcenniejszych stanowisk archeologicznych w Polsce. Stanowi fragment dawnego systemu podziemnych korytarzy i komór, na który składają się: dzisiejsza właściwa jaskinia, zamknięta żelazną kratą (150m), tuż na prawo od niej Tunel, a za nim tzw. Ogrojec - rodzaj skalnego dziedzińca otoczonego z trzech stron skałami, który ku południu przechodzi w tunel zwany Oborzyskiem Wielkim.

Od niego w lewo odbiega ciasny korytarzyk jaskini Leszczynowej (W Leszczynie). Zarówno dziedziniec przed jaskinią, jak i Ogrojec powstały wskutek zawalenia się stropu jaskini, zapewne jeszcze przed epoką lodowcową.

Jaskinia Ciemna składa się z obszernej komory, przechodzącej dalej w zwężający się korytarz. Komora wstępna jest największa ze wszystkich znanych na Wyżynie Krakowsko-Częstochowskiej. Jej długość wynosi prawie 90m, szerokość ok. 20m, a wysokość dochodzi miejscami do kilkunastu metrów. Dno jaskini jest wyścielone grubą warstwą osadów, miejscami jak wykazały badania, miąższości ponad 8m.

W odległości około 30m od wejścia, pod lewą ścianą jaskini, widać masywne stalagmity, z których jeden swym kształtem przypomina lwa. Dalszy odcinek komory nieco się obniża.

W stropie widoczne są tu koliste zagłębienia, tzw. kotły wirowe, powstałe w warunkach całkowitego wypełnienia kanału krasowego przez wodę. W miejscu gdzie komora skręca w prawo, natrafiamy na masywny słup skalny (filar), stanowiący fragment ściany dzielącej tę część jaskini na dwie mniejsze. Strop jaskini na lewo od słupa jest pokryty dużą ilością małych nacieków, mianowicie stalaktytów rurkowych, tzw. makaronów.