Już w XIX wieku ze względu na wypełnisko i odchody nietoperzy, prowadzono eksploatację przemysłową tej groty. Kiedy w latach 1872-1879 O. Grube wydobywał nawóz z jaskini, natrafił na 4.000 kłów niedźwiedzia jaskiniowego. Jeszcze dziś przy odrobinie szczęścia można taki kieł znaleźć.

Jaskinia Nietoperzowa znajduje się w gminie Jerzmanowice-Przeginia. Zwana była także Jerzmanowicką, Księżą lub Białą. Nazwa jaskini pochodzi od znalezionych szczątków kopalnych i współcześnie żyjących nietoperzy. Jaskinia usytuowana jest w grupie skał górnej części Doliny Będkowskiej. Położona 447m n.p.m. ma 306m długości. Jest jedną z największych jaskiń Jury Krakowskiej. Na uwagę zasługuje wodospad naciekowy w początkowej części jaskini oraz liczne kotły wirowe na stropie w głębszych jej częściach.

Z punktu widzenia archeologicznego Jaskinia Nietoperzowa znana jest przede wszystkim jako stanowisko górno-paleolityczne datowane na 38 000 lat wstecz, będące obozowiskiem łowców niedźwiedzia jaskiniowego. Łowcy jerzmanowscy byli przedstawicielami grup ludzkich, określanych już jako Homo Sapiens (człowiek myślący). Byli twórcami odkrytych tu m.in. krzemiennych grotów i oszczepów reprezentujących tak zwana kulturę.

Jaskinia już dwa razy stanowiła scenografię filmów fabularnych. Po raz pierwszy do Nietoperzowej Jaskini ekipa filmowa zawitała w 1995 roku, kręcono wtedy "Legendę o Świętym Mikołaju". Dwa lata minęły i 5 listopada 1997 roku Jerzy Hoffman nakręcił w jaskini scenę do filmu "Ogniem i Mieczem".