Grzbiet Babiej Góry jest obszarem wododziałowym. Potoki spływające na północ są dopływami Wisły i leżą w zlewni Bałtyku. Potoki spływające na południe leżą w zlewni Morza Czarnego. Na terenie parku bierze początek wiele potoków, takich, jak: Jałowiec, Markowy Potok, Jaworzynka, Rybny Potok i inne. W masywie Babiej Góry jest kilka małych stawków, z których największy Mokry Stawek ma 450m². Powstał on na skutek obrywów bloków skalnych przed około 5 000 lat.

Flora Babiej Góry była badana już 100 lat temu przez H.Zapałowicza, który stwierdził występowanie ponad 600 gatunków roślin naczyniowych. Obecnie na terenie parku potwierdzono występowanie około 500 gatunków roślin naczyniowych, prawie 200 gatunków mchów oraz liczne porosty, glony i wątrobowce. Na Babiej Górze występuje 70 gatunków wysokogórskich oraz 54 objętych ochroną gatunkową. Do osobliwości należą okrzyn jeleni (będący symbolem parku) i rogownica alpejska, które w parku mają jedyne stanowiska w Polsce. Masyw Babiej Góry jest naturalnym modelowym przykładem, ukazującym piętrowy układ roślinności w górach.

Fauna parku liczy m.in. około 105 gatunków ptaków (w tym uszatka, puszczyk uralski, puchacz, dzięcioły, płochacz halny i siwerniak). W ostatnich latach rzadkością stał się głuszec. W parku występuje wiele ssaków. Licznymi są jelenie. Stosunkowo częste są owadożerne ryjówki (górska, aksamitna i malutka). Do rzadkości należą ryś, wilk, niedźwiedź oraz drobne gryzonie nadrzewne: koszatka, orzesznica i żołędnica. Wśród bezkręgowców najlepiej poznanymi są chrząszcze, których w masywie Babiej Góry stwierdzono około 1 500 gatunków, w tym klika endemicznych dla Karpat Zachodnich.

Region Babiej Góry charakteryzuje się znaczną odmiennością kulturową. Miejscowa ludność zachowała i kultywuje liczne tradycje. W bezpośrednim sąsiedztwie parku, zarówno po stronie południowej, jak i północnej podziwiać można zachowane jeszcze tradycyjne formy architektoniczne, a także przedmioty codziennego użytku. Masyw Babiej Góry od początku XX wieku jest celem wędrówek turystycznych. W roku 1906 na Markowych Szczawinach wybudowano schronisko czynne do czasów obecnych.

Ruch turystyczny w Parku może się odbywać po szlakach turystycznych od świtu do zmierzchu. Największe atrakcje turystyczne to szczyt Babiej Góry - Diablak wznoszący się kilkaset metrów ponad sąsiednie szczyty.